Dia juga ikut mendirikan lembaga Pelayanan Pesantren dan Studi Islam (LP2SI) di bawah Yayasan Al-Haramain dan sempat menjadi redaktur jurnal Ma'rifat, majalah terbitan lembaga Haramaian.
Selain itu, dia juga mengajar studi Islam di Universitas Muhammadiyah Jakarta, Dosen pascasarjana di Universitas islam Negeri (UIN) Syarif Hidaytullah dan Universitas asy-Syafi'iyah, Jakarta.
Kariernya dalam dunia politik dimulai setelah bergulirnya Era Reformasi. Hidayat menjadi salah satu deklarator Partai Keadilan (PK) yang dideklarasikan di Jakarta, pada 20 Juli 1998 dan terpilih menjadi ketua Dewan Pendiri dan menerima pelantikan menjadi Ketua Majelis Pertimbangan Partai Keadilan.
Pada pasca pemilu 1999, PK berubah menjadi Partai Keadilan Sejahtera (PKS).
BACA JUGA:Tidak Saja Memproduksi Motor, Yamaha Juga Keluarkan Produk Mikropon PGM-1, Yuk Kenali Keunggulannya!
BACA JUGA:Dua Pejabat Eselon IIa Di Pemprov Lampung Dilantik
Hidayat mulai dikenal ketika ia terpilih menjadi presiden PK tanggal 21 Mei 2000, menggantikan Nurmahmudi Ismail sebagai Menteri Kehutanan dan Perkebunan saat pemerintahan Presiden Gus Dur.
Pada pemilu 2004, Hidayat terpilih sebagai anggota DPR dan sekaligus menjadi Ketua MPR 2004-2009.