Kawasan di sekitar Lapangan Banteng (dulu Waterlooplein) adalah pusat kota Jakarta (Batavia) yang disebut Weltevreden. Tanah tempat hotel ini berdiri dulu adalah markas militer kolonial Hindia Belanda, kini hanya bagian belakang yang tetap menjadi Markas Marinir.
Pada tahun 1963, Presiden Soekarno memutuskan untuk membangun hotel mewah di lokasi ini. Maka markas militer peninggalan kolonial tersebut digusur untuk membangun hotel mewah berlantai enam dengan 220 kamar suite. Karena lokasinya yang dekat Istana Negara, hotel ini dimaksudkan menjadi tempat menginap para tamu negara. Awal 1970-an, Hotel Borobudur direnovasi dan diperbesar dengan menambah kamarnya menjadi 695 dan lantai menjadi 12 tingkat.
Pada 23 Maret 1974, Presiden Soeharto meresmikan Hotel Borobudur Jakarta yang telah dikembangkan termasuk apartemen, sebagai hotel resmi pada Konferensi Pacific Asia Travel Association (PATA), dan tanggal tersebut menjadi tanggal resmi berdirinya Hotel Borobudur Jakarta. Sejak saat itulah Hotel Borobudur kerap menjadi tempat menginap bagi tamu negara, pesohor, dan kalangan VVIP.