Kendati begitu, kata dia, masih ada saja tantangan yang dihadapi terkait penyelenggaraannya. Antara lain orang tua yang menolak suntikan ganda saat kunjungan imunisasi dan orang tua yang belum memahami jadwal imunisasi rutin lengkap.
Selain itu dan masih belum dipahaminya jadwal imunisasi kejar jika anak tertinggal imunisasi dari jadwal seharusnya juga menjadi tantangan terkait penyelenggaraan imunisasi saat ini khususnya di Jakarta.