Brigade Al-Qassam juga memiliki pasukan keamanan internalnya sendiri (al-Majd).
Brigade Al-Qassam dipimpin oleh Mohammed Deif. Wakilnya adalah Marwan Issa.
Meskipun pusat kekuasaannya tetap di Gaza, Brigade Al-Qassam juga tetap menjalankan aktivitasnya di Tepi Barat, termasuk di kota utara Jenin di mana mereka bekerja sama dengan Brigade Martir al-Aqsa Fatah dan Brigade al-Quds Jihad Islam di bawah payung Palestina yang disebut 'Batalyon Jenin'.