Sayangnya misi menuju luar angkasa yang akan dilakukan Pratiwi Sudarmono terpaksa dibatalkan hanya beberapa bulan sebelum keberangkatan, tepatnya pada 28 Januari 1986.
Pembatalan tersebut diakibatkan pesawat ulang alik Challenger yang membawa misi peluncuran STS-51-L meledak di udara. Akibat insiden itu, selama hampir tiga tahun program ulang-alik Amerika tertunda.
Meski gagal berangkat, Pratiwi tetap mengukirkan prestasi. Ia menjadi peneliti di NASA dari tahun 1985 sampai tahun 1987.
Namun, pada tahun 1997, krisis moneter melanda Indonesia dan membuat kesempatan Pratiwi untuk terbang ke luar angkasa semakin kandas karena tidak ada lagi dana untuk membiayai program latihan astronot Indonesia.
Pratiwi kemudian mengabdikan dirinya dengan melakukan berbagai penelitian sekaligus menjadi staf pengajar di kampus di Universitas Indonesia.
Pada tahun 2008, Pratiwi diangkat sebagai Guru Besar atau Profesor Kehormatan Ilmu Mikrobiologi Fakultas Kedokteran, Universitas Indonesia dengan minat utama yaitu mikrobiologi klinis dan mengembangkan penelitian di bidang mikrobiologi klinis.