3. Penghapusan penjelasan Pasal 10 sebagai akibat putusan MK nomor 79/PUU-IX/2011
4. perubahan Pasal 15 dan penjelasannya terkait dengan jumlah kementerian yang ditetapkan sesuai dengan kebutuhan presiden.
5. Perubahan judul Bab 6 menjadi hubungan fungsional kementerian dan lembaga pemerintah nonkementerian, lembaga nonstruktural dan lembaga pemerintah lainnya.(anisha)