Di organisasi Nahdlatul Ulama, Kiai Marzuki pernah diamanahi sebagai Ketua Pengurus Cabang Nahdlatul Ulama (PCNU) Kota Malang selama dua priode. Ia juga pernah menjabat Wakil Rais PWNU Jatim. Hingga, akhirnya terpilih mengemban amanah Ketua PWNU Jatim masa khidmat 2018-2023.
Baru-baru ini, Kiai Marzuki sukses meraih gelar doktor predikat 'Dengan Pujian' dalam Program Studi Pendidikan Agama Islam Multikultural di Universitas Islam Malang (Unisma).
Disertasinya berjudul 'Pemikiran Prof Dr KH Muhammad Tholchah Hasan dalam Pengembangan Pendidikan Islam Multikultural.
Pada Mei 2023 lalu, ia membantu ustaz muda Hanan Attaki untuk baiat NU. Hanan Attaki menyebut Kiai Marzuki sebagai mursyid atau guru.